Делая внутренний сайт в сети, столкнулся с такой необходимостью, как передача файлов с сервера на сервер по SSH, т.е. в консоли.
На помощь приходит команда scp которая и осуществляет операцию копирования через ssh-сессию.

scp <путь к файлу>/<файл> user@:/<путь к каталогу, куда нужно скопировать>

обратно:
user@:/<путь к файлу>/<файл> /<путь к каталогу, куда нужно скопировать>

Пример. Копирую файл на сервер, предварительно зайдя в папку с файлом, так проще:

scp eXtplorer_2.1.5.zip root@192.168.10.250:/var/www/site/ftp/

При копировании у вас спросит пароль от пользователя сервера.